单细胞转录组数据分析

检测项目

样本准备检测：

• 细胞存活率检测：存活细胞比例≥85%、死细胞污染率≤5%(参照ISO20391-2:2019)
• 细胞完整性评估：RNA完整性数(RIN)≥7、28S/18S比值≥1.8

测序数据质量控制：

• 序列读长检测：平均读长≥100bp、Q30分值≥90%
• 数据污染筛查：外源序列比例≤0.1%、线粒体基因占比≤10%

基因表达量化：

• 表达量计算：TPM值归一化、FPKM值偏差±5%
• 基因检测灵敏度：检测限0.01TPM、动态范围10^6

细胞类型鉴定：

• 聚类分析：聚类数K值优化、Silhouette系数≥0.7
• 标记基因识别：特异性基因表达log2FC≥2、p值<0.01

差异表达分析：

• 表达差异检测：log2折叠变化≥1、调整后p值<0.05(参照GB/T37872-2019)
• 多重检验校正：FDR控制≤0.05、Bonferroni校正

功能富集分析：

• 通路富集检测：富集分数≥2、p值<0.01
• GO术语分析：术语覆盖率≥80%、FDR≤0.1

轨迹推断分析：

• 细胞发育轨迹：伪时间相关性≥0.8、分支点置信度≥95%
• 状态转移检测：转移概率≥0.7、熵值≤0.5

细胞通讯分析：

• 配体-受体互作：互作强度值≥1.5、p值<0.05
• 信号通路活性：通路得分Z值≥2、误差范围±0.2

数据可视化：

• 降维绘图：t-SNEperplexity值30、UMAPmin_dist=0.1
• 热图生成：颜色标度一致性、聚类树高度≤0.5

统计验证：

• 重复性检验：相关系数≥0.9、CV值≤15%
• 模型拟合度：R²值≥0.8、残差分布正态性

检测范围

1.人类外周血单细胞：重点检测免疫细胞亚型鉴定、炎症相关基因表达差异，适用于疾病biomarker发现

2.小鼠脑组织单细胞：侧重神经元与胶质细胞分类、突触功能基因表达，用于神经发育研究

3.植物根尖分生组织细胞：检测细胞分裂周期基因、胁迫响应通路，强调环境适应性分析

4.癌症肿瘤活检单细胞：聚焦肿瘤异质性、耐药基因表达、突变检测，用于个性化医疗

5.胚胎干细胞单细胞：重点多能性标记基因表达、分化轨迹推断，应用于再生医学

6.微生物群落单细胞：检测物种分类、代谢通路活性，强调微生物互作分析

7.昆虫器官单细胞：侧重发育基因时序表达、形态发生调控，用于进化生物学研究

8.鱼类胚胎单细胞：检测胚胎发育阶段基因、环境毒素响应，适用于毒理学评估

9.哺乳动物肝脏单细胞：聚焦代谢酶表达、细胞zonation模式，用于药物毒性测试

10.培养细胞系单细胞：重点检测细胞系一致性、基因编辑效率，应用于体外模型验证

检测方法

国际标准：

• ISO20391-2:2019Biotechnology—Cellcounting—Part2:Experimentaldesignandstatisticalanalysis
• EN15948:2020Molecularinvitrodiagnosticexaminations—Specificationsforpre-examinationprocessesforisolatedcellularRNA
• ISO23118:2021Molecularbiomarkeranalysis—ExpressionprofilingusingRNA-seqdata

国家标准：

• GB/T37872-2019生物信息学分析平台基因表达数据质量控制规范
• GB/T38506-2020测序数据存储与交换格式规范
• GB/T39769-2021单细胞转录组测序数据分析指南

国际标准侧重整体实验设计与统计rigor，而国家标准强调数据格式兼容性与本地化应用，例如ISO标准要求更严格的p值校正，而GB标准优化了中文基因注释数据库集成。

检测设备

1.单细胞测序仪：IlluminaNovaSeq6000(通量最高达6Tb/run，读长2x150bp)

2.细胞分选仪：BDFACSAriaIII(分选精度≥99%，流速1000cells/s)

3.微量RNA提取系统：QIAGENQIAseqFX(输入量10-1000cells，回收率≥90%)

4.高通量测序文库构建仪：TecanFreedomEVO150(处理样本数384/run，误差率≤0.1%)

5.生物分析仪：Agilent2100Bioanalyzer(RNA完整性检测，RIN范围1-10)

6.实时定量PCR系统：AppliedBiosystemsQuantStudio7(动态范围10^8，CT值精度±0.1)

7.超级计算服务器：DellPowerEdgeR940xa(CPU核心数112，内存3TB，存储PB级)

8.数据存储阵列：HuaweiOceanStor9000(容量4PB，IOPS1.2M)

9.生物信息学分析软件：CellRanger7.0.0(支持UMI计数，基因匹配率≥90%)

10.可视化工作站：HPZ8G4(GPUNVIDIAA100，显存80GB)

11.离心机：EppendorfCentrifuge5430R(转速最高15000rpm，温度控制±1°C)

12.微量分光光度计：ThermoFisherNanoDropOne(检测范围2ng/μL-10000ng/μL)

13.自动化液体处理系统：BeckmanCoulterBiomeki7(移液精度±0.5μL)

14.低温储存设备：ThermoScientificForma900系列(温度范围-150°C至-80°C)

15.网络交换设备：CiscoNexus9000(带宽100GbE，延迟<1ms)

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是关于单细胞转录组数据分析相关介绍，如果您还有其他疑问，可以咨询在线工程师提交您的需求，为您提供一对一解答。

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试，望谅解（高校、研究所等性质的个人除外）。

服务优势

1、拥有完善的检测服务体系，科学、严谨、认证。

2、我院对已出过的报告负责。

3、提供编写MSDS报告、TDS报告服务。

4、检测服务领域广，可参考标准多（国标、企标、JianCe、工标、国际标准等）。

5、周期短，费用低，方案全。

6、支持定制化试验方案，数据更加科学准确。

7、全国上门取样/现场见证试验。

8、资质全，团队强，后期服务体系完善

报告作用

1、工业问题诊断：包括失效分析、科学诊断、数据验证等，可以快速检测出产品问题，尽快止损；

2、其他鉴定服务：协助相关部门证据链补充、证物材料补充、质量检测、样品分析；

4、研发使用：试验经验丰富，试验设备多，为科研工作提供数据支持；

3、高校论文：提供研究性实验数据、分析服务，给论文提供科学依据；

5、投标：检测周期短，准确性高，出具的第三方检测报告合法合规；

7、控制材料质量，进行产品内控，降低成本、风险。

试验流程

1、与工程师沟通，确定具体的试验方案，我方报价；

2、双方签订委托书，我方接收样品；

3、进行细节沟通，我方进行试验测试；

4、试验测试完成，出具检测测试报告；

5、委托完成，我方提供售后服务。

检测仪器(部分)

合作客户(部分)

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